В Учреждении формируются коллегиальные органы управления, к которым относятся Общелицейская конференция (далее Конференция), Общее собрание работников Учреждения (далее Общее собрание), Совет родителей общеобразовательного учреждения (далее Совет учреждения), Педагогический совет. Деятельность коллегиальных органов регламентируется Уставом МКОУ "Лесниковский лицей им. Героя России Тюнина А.В.".
В образовательной организации отсутствуют структурные подразделения.